有机棉进入国际市场是需要认证的，国内外从事有机棉标准指定和认证的组织机构很多。

 国际有机农业运动联合会(1FOAM，International Federation Of Organic Agriculture Movement)是主要的国际认证机构之一，制定了比较有影响的“有机纺织品标准”。另外比较著名的国际认证机构还有美国的有机贸易协会(OTA，Organic Trade Association)、英国的土壤协会(Soil Association)、德国的国际天然纺织工业协会(IVN.International Association Natural Industry)、欧洲的国际组织Demeter、瑞典和北欧的KRAV和日本的日本有机棉协会(JOCA，Japan Organic Cotton Association)。瑞士的生态市场协会(IMO，Institute for Marketecology)和荷兰Skal是知名国际认证机构。IMO可以代表OTA、INV、Demeter等进行认证，IMO也是沃尔玛有机棉项目在土耳其、印度、中国、巴基斯坦和非洲国家的认证机构。南京国环有机产品认证中心是国内认证机构之一。